牧場不同。有機牛奶的奶源牧場必須要經過三年的輪換期，有機牧場不可以使用農藥和殺蟲劑，同時有機牛奶牧場必須經過專業機構的認證并取得有機牧場的認證證書。而非有機牛奶的牧場則沒有這些要求。
奶牛喂養飼料不同。有機奶牛食用的均為有機飼料，有機飼料不存在使用化肥和農藥等化學物質，從牧場源頭上保障了有機牛奶天然污染物的特性。由于有機奶牛食用的是綠色飼料，有機牛奶所含的單不飽和脂肪酸，比普通牛奶的含量要高。
產奶期不同。有機牛奶對于產奶方面也有著非常強的控制，有機牛奶的奶牛的生長過程符合了自然生物的法則，不會使用任何激素藥物促使奶牛產奶，只在哺乳期產奶，而非有機牛奶的奶牛在產奶方面則沒有這麼嚴格的控制。
生產過程不同。有機食品的生產和加工應配備專業的設備，在有機食品加工前必須進行徹底的清洗，并進行有機食原料的沖頂工作。有機牛奶的生產過程必須嚴格準守《中華人民共和國有機產品國家標準》中的各項要求進行加工生產。
奶牛的活動空間和放牧時間不同。有機牛奶的有機奶牛享有非常大的自由的戶內戶外活動空間，有助于其能量物質和營養物質的轉換。
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