永平三年，漢明帝命人在洛陽云臺殿繪制開國功臣二十八人，以及各個時期給予光武帝重要支持的李通、王常、卓茂、竇融四人的畫像，統稱“云臺二十八將”。將其概括為三大集團，這三大集團立足地域但不唯籍貫論，而是以其政治活動的主要區域為準：
河北集團：吳漢、耿弇、寇恂、景丹、蓋延、王梁、耿純、任光、李忠、邳彤、萬修、劉植。
河北集團人多勢眾，兵強馬壯，以河北軍人為主，是劉秀爭奪天下的主要力量。代表人物吳漢，原籍南陽，但在河北為官，所領又是漁陽兵馬，所以應當歸入河北派。當然他的南陽籍貫，是劉秀更加信任的條件之一。
南陽集團：鄧禹、朱祜、岑彭、劉隆、賈復、杜茂、陳俊、馬武、馬成。
南陽集團同鄉本郡，知根知底，以南陽豪強為主，是劉秀實際上的核心團隊。在天下一統、尤其是建武十七年以后，劉秀通過一系列騷操作，使南陽集團成為最終的勝出者。
潁川集團：馮異、祭遵、銚期、臧宮、堅鐔、王霸、傅俊。
潁川集團善始善終，不離不棄，以潁川官吏為主，是劉秀初到河北時的重要幫手。但由于代表人物馮異早逝，潁川集團趨于邊緣化，在朝堂上的影響力也日漸式微。而王常、竇融等人，不足以形成獨立的集團，故不在講述范圍。
當年真定王劉揚以聯姻的方式，加入劉秀陣營。劉揚出兵出糧，有力支持了劉秀的事業，當然也想有回報，雖說已經是諸侯王了，封無可封，但多賜個郡，那怕多賜個縣，也說得過去。劉秀卻毫無表示，或許是因為一時疏忽，但劉揚可不這麼想，他覺得就是怠慢自己。
更讓劉揚疑惑的是，郭圣通所生的劉強都快一歲了，皇后和太子卻遲遲未立。而郭圣通和陰麗華的對立，表面上看是后宮之爭，實際上是河北派與南陽派斗爭的一種形式。此時郭與陰同列貴人，劉秀又隱約表現出立陰之意，作為直接利害關系人的劉揚，自然會做出回應。
劉揚先祭出流行的圖讖造勢，稱“赤九之后，癭揚為主”。“癭”即甲狀腺腫大，正是劉揚所患之病。劉秀聽到消息，派游擊將軍鄧隆征劉揚入朝，他緊閉城門，禁止入內。雖說此時劉揚未必真反，但劉秀深知他的能量，遲疑不決會出大亂子。他決定快刀斬亂麻，對劉揚實施斬首行動，應該派誰去呢？
劉秀最后選中了耿純，耿純與劉揚有親屬關系，不至于引起太大的懷疑，而且曾經一把火燒了自家莊園，有一種孤臣的味道。
耿純假裝持節巡視州郡，到達真定后，在驛站中召劉揚前來。劉揚稱病不愿露面，還寫信給耿純，想私下會面，被耿純婉拒。劉揚畢竟理虧，又想自己擁兵數萬，而耿純不過隨從百人而已，料也無妨，就和兄弟們一起帶兵過去。
到了驛站門口，劉揚讓兄弟們等在外面，自己入內會見。耿純和顏悅色，禮敬一番，又請劉揚的兄弟們一起進來。等他們完全放松了警惕，耿純迅速關閉大門，將劉揚兄弟盡數斬殺。耿純提著他們的首級走出門外，宣布罪狀，“真定震怖，無敢動者”。
耿純回來復命后，知道自己得罪了不少人，難以在朝堂立足，就自請為外郡太守。劉秀也知道河北宗室不好惹，為穩定人心，續封劉揚的兒子劉得為王；并且在這年六月，正式冊封郭圣通為皇后、劉強為太子，算是給天下人一個交代。
彭寵字伯通，南陽宛城人，他的父親彭宏，曾在漢哀帝時為漁陽太守，在當地很有聲望。他本人在年輕時做過郡吏，地皇年間又做過大司空的屬吏，跟隨王邑的大軍東征。剛走到洛陽，聽說自己的弟弟加入了漢軍，他害怕被牽連，就跟吳漢一起逃至漁陽，投靠父親的門生故吏去了。
更始即位后，派使者巡撫幽州，給予其任命太守以下官員的權力。使者到了漁陽以后，考慮到彭寵在那里的影響力，當即任命彭寵為偏將軍，行漁陽太守事。
不久彭寵聯合上谷郡的耿況，派吳漢、蓋延、王梁出兵援助劉秀。不過與耿況不同，彭寵從一開始就三心二意，若不是吳漢使了個小手段，促成此事，恐怕他會倒向王郎一邊，那河北的形勢就是另一番景象了。
當劉秀重整旗鼓，北上追擊銅馬農民軍時，彭寵前來拜見，面有驕色。劉秀軍務繁忙，禮節粗疏了一些，彭寵就覺得自己“失寵”了。劉秀覺察出來，就問新任的幽州牧朱浮這是怎麼回事。
朱浮字叔元，沛郡蕭縣人，從籍貫上可以猜測，他可能是劉秀在蕭縣時的發小。他做過主簿、偏將軍，參與攻破邯鄲的戰斗，之后吳漢襲殺前幽州牧苗曾，劉秀就改任朱浮為大將軍、幽州牧。此前朱浮沒有什麼出彩的表現，我們可以大膽推斷，這一任命，十有八九是任人唯親。
朱浮這個人性格急躁，自以為是，還有點毒舌。他回復劉秀：“當初陛下賜他寶劍，稱為北道主人。他自我感覺良好，覺得陛下應該和他執手相迎。現在沒有如愿，所以不滿。”又添油加醋說：“王莽做宰衡的時候，甄豐經常被半夜召見，深得寵信；后來關系疏遠，甄豐因此懷恨在心，最終被殺。彭寵就是甄豐一樣的人！”
劉秀覺得是小題大做，便沒有放在心上，這一疏忽在各種因素的共同作用下險些釀成大禍。
彭寵返回漁陽后，越想越氣，吳漢、王梁原先是他手下的人，現在位列三公，而自己還是原地踏步，心里很不平衡。人心里不平衡的時候，最怕受刺激，而與他共事的朱浮恰恰就是個刺兒頭。
朱浮求治心切，遍訪幽州名士宿儒，并攬入幕府，支出錢糧，供養他們的家人。彭寵不樂意了，現在天下未定，正是用兵之際，何必養這麼多閑人。他拒不執行朱浮的命令，朱浮發文書把彭寵痛罵一頓。措辭很嚴厲，估計還有“你個丘八懂個屁”之類的話，彭寵看完氣得咬牙切齒，把文書撕個粉碎。
緊接著朱浮又上書告彭寵的刁狀，說他不忠不孝，貪污受賄，草菅人命等等。劉秀漸漸生出疑心，下詔讓彭寵來洛陽回話。彭寵心想這是要雙規我呀，就要求和朱浮一道赴京，當面對質，又向吳漢、王梁大吐苦水。
吳漢、王梁急忙將來信呈給朝廷。劉秀貴為天子，哪能討價還價，私自結交朝臣也犯忌諱，便堅決駁回了彭寵的請求。
彭寵的妻子也是剛烈之人，說漁陽兵強馬壯，不用看誰臉色。彭寵又找部下商議，這些多年同僚，都看不慣朱浮的做派，一致通過。彭寵意氣用事，立即發兵圍攻朱浮。
朱浮兵微將寡，急忙向朝廷求援，他原本希望劉秀親自帶兵平叛，但劉秀只派了游擊將軍鄧隆前往。原因也很簡單，此時劉秀正在東、西、南三面作戰，根本騰不出兵力來。鄧隆到達漁陽后，沒有第一時間與朱浮會合，與之相距一百多里，反而大言不慚地上奏“旦夕破寵”。
久經戰陣的彭寵，在打探到鄧隆的位置后，決定先發制人各個擊破。他親率一萬兵力與鄧隆正面對峙，又派兩千騎兵繞到背后突襲，大敗鄧隆軍。朱浮鞭長莫及，只能眼睜睜地看著友軍覆亡。由于一系列意外，彭寵事件遷延日久，前后將近四年。
朱鮪獻城投降后，洛陽仍然是一座孤城，在黃河以南形成了一個危險的突出部，更始舊部盤踞在附近的南陽、潁川，蠢蠢欲動。而這兩個地方也是兩大集團的發祥地，政治意義也很重大，因此劉秀決定南征。
他召開御前軍事會議，為激勵士氣，把寫好的檄文擲在地上，故意問道：“郾城之敵最強，宛城之敵次之，誰愿去打郾城？”執金吾賈復自告奮勇說：“我去！”劉秀大笑，命賈復攻潁川，吳漢攻南陽，克日啟程。
吳漢與堅鐔、萬修率軍南下，迅速向南陽挺進，連克宛城、涅陽、酈縣、穰城、新野等地，又在新野以南擊敗南郡的秦豐一部，可謂節節勝利。但因為糧草不足，他縱容部下掠奪鄉民，搞得民怨沸騰，對新野的破壞尤其嚴重。正好破虜將軍鄧奉回鄉探親，見此情景，不由得怒火中燒。他聚起宗族鄉民，反攻吳漢，奪回糧草輜重，并駐扎在淯陽城中。
吳漢被迫撤退，萬修病死軍中，堅鐔困守宛城，鄧奉則趁機攻城略地，控制了南陽郡大部。按說到此，他報復的目的已經達到，應該上書彈劾吳漢，為自己辯白。如果不是河北集團和南陽集團矛盾重重，劉秀又不得不倚重河北，鄧奉應該不會出此昏招，選擇繼續對抗。鄧奉聯合董欣、秦豐等勢力，互通有無，震驚朝野。
政權分崩離析，很大程度上就是因為內斗不止，自相殘殺。這次雖然錯在吳漢，但鄧奉選擇背叛，使南陽陷入兵火之中，在劉秀看來簡直是大逆不道。十一月，劉秀派征南大將軍岑彭，與朱祜、賈復、耿弇、王常等將，率軍討伐鄧奉。岑彭猛攻堵鄉，鄧奉與董欣合兵一處，激烈對抗，雙方相持不下，連戰數月。
岑彭所部多是南陽兵卒，本來劉秀考慮這樣可以減少阻力，但適得其反，反而放不開手腳廝殺。漢軍“堵”在堵鄉毫無進展，朱祜在一次作戰中還被俘虜。劉秀終于怒了，決定御駕親征。
建武三年四月，劉秀駕臨堵鄉前線，根本不用打，鄧奉軍心大亂，不戰而逃，連夜退回淯陽城。岑彭等將乘勝追擊，董欣投降，淯陽也被迅速攻下。
鄧奉又撤到小長安，劉秀下令強攻，畢竟實力懸殊，鄧奉支持不住，就讓被俘的朱祜出營請降。
劉秀考慮到鄧奉是鄧晨的侄子，而且是吳漢有錯在先，就有意赦免他。諸將默然不語，岑彭和耿弇表態：“鄧奉忘恩叛逆，干戈再起，賈復負傷，朱祜被俘。而陛下親征以后，他不知悔改，堅持頑抗，直到窮途末路才投降。如果不殺，不足以懲戒后來者。”為了實現兩大集團目前的團結，劉秀最終選擇了大義滅親。
賈寇事件是指賈復與寇恂的沖突，與鄧奉事件幾乎是同時發生的。賈復與陰識等人率軍攻克潁川后，轉兵汝南，劉秀改任寇恂為潁川太守，署理政務。賈復的部將在潁川殺人，寇恂執法如山，將其斬首示眾。
戰爭時期，法紀不嚴，往常這些事情都是睜一只眼閉一只眼。再加上兩大集團的固有矛盾，賈復很生氣，后果很嚴重。
賈復的脾氣由來已久，初歸劉秀之時，就與同僚發生過不愉快。當時他是破虜將軍名下的官屬，在一次會議上，與大司馬名下的官屬段孝并排而坐。段孝提醒他：“你是將軍督，我是大司馬督，不能坐在一起。”賈復怒了：“大司馬和破虜將軍都是劉公，憑什麼不能坐！”大家覺得他盛氣凌人，想把他排擠走，被劉秀壓了下來。
賈復回師潁川，發狠話說：“我跟寇恂官職并列，現在卻被他羞辱，有仇不報非君子，我見寇恂，一定要親手殺了他！”
好在寇恂是個明白人，故意躲著賈復，手下不忿，說愿帶劍護衛，以防不測。寇恂說：“當年藺相如不懼秦王，卻躲著廉頗，是為國事。古人尚且如此，我怎麼能忘了呢？”他下令各縣沿途歡迎賈復，酒肉雙份，吃喝管夠，自己則稱病不出。賈復余怒未消，還要找寇恂算賬，結果將士們都喝得酩酊大醉，只好作罷。
寇恂擔心賈復不肯罷休，就上報劉秀，劉秀對鄧奉事件心有余悸，決定親自出面調解。他先召賈復，曉以大義，又召寇恂。寇恂進殿，發現賈復已經在座，就準備轉身離開，劉秀叫住了他：“如今天下未定，二虎怎能私斗，朕特來勸解。”于是二人并席而坐，相逢一笑泯恩仇。總算是有驚無險，塵埃落定，可以長舒一口氣了。
建武三年，朱浮被彭寵圍困在薊縣，動彈不得，上谷郡的耿況派兵解圍未果。不久涿郡太守張豐迷信術士所言，那術士說張豐當為天子，還用五彩布囊裹了一塊石頭掛在他的手肘上，說石頭里有玉璽，張豐真信了，自稱“無上大將軍”，并與彭寵聯合。彭寵得此強援，不覺飄飄然起來，自稱燕王，信心滿滿。
朱浮慌了，急忙上書請求劉秀御駕親征，被大司徒伏湛勸止。直到建武四年五月間，劉秀再赴河北，以穩定戰略大后方。不過中途又出現了狀況，原來陰麗華隨軍出征，在元氏縣生下了一個男孩，就是后來的漢明帝。
前鋒祭遵部一馬當先，強攻涿郡，張豐的功曹不愿跟他送死，反水擒住張豐，然后開城投降。愚蠢的張豐臨死之前，還念念不忘：“我手肘上綁著玉璽呢！”祭遵想讓他死個明白，就把那塊石頭砸碎，里面根本什麼也沒有。
此時劉秀已過盧奴，一則皇子誕生，二則戰事順利，便決定返回洛陽。祭遵屯駐良鄉，驍騎將車劉喜屯駐陽鄉，以拒彭寵。
消息靈通的彭寵親率數萬主力，又派弟弟彭純引兩千匈奴騎兵，向漢軍發起主動進攻。彭純部南下經過軍都山時，遭到上谷耿舒部的襲擊，匈奴兩王被殺，彭純逃回漁陽。祭遵也以攻為守，在潞城襲破彭寵部將李豪，斬首一千余級。此后雙方相持一年有余，祭遵數次擊退彭寵，使得漁陽形勢逐漸穩定下來。
聽到劉秀鑾駕返回的消息，諸將大惑不解，只有吳漢說：“陛下精通軍事，其中自有道理。”迎駕之時，諸將小心詢問，劉秀神秘兮兮地說：“魏郡有賊，所以才返回。”結合實際情況，劉秀這樣說，或許是為了保密。先是將身懷六甲的陰麗華帶在身邊，后向諸將隱瞞實情，顯然是在忌憚某些東西。
劉秀想在洛陽享受天倫之樂，卻被朱浮這個不爭氣的掃了興致。原來彭寵打不過祭遵，但對付朱浮還是綽綽有余，圍困薊縣數月，城中糧食耗盡，已經開始人吃人。此時耿況派來一支援軍，試圖解圍。援軍沒能沖開包圍圈，卻吸引了彭寵軍的注意力，朱浮不顧一切地向南突圍，向良鄉靠攏。
朱浮手下士兵嘩變，他殺了妻子以免受辱，單騎逃回洛陽。尚書令侯霸上書彈劾，說朱浮禍亂幽州，逼反彭寵，又不敢以死明節，按律當斬。劉秀念及舊情，改任他為執金吾，負責京師防務。
建武五年，彭寵之亂最終以戲劇化的方式落幕了。近來一段時間，彭寵總是心神不寧，甚至出現了幻聽，總覺得火爐下面有一只蛤蟆在叫，扒開尋找卻什麼也沒有，算命的說這是內亂的征兆。他覺得最有可能背叛自己的，就是曾在洛陽為質的堂弟彭子后，就讓他帶兵在外，無事不得入見。
日防夜防，家賊難防。有一天彭寵正在榻上小憩，他的三個家奴心懷歹意，要拿他的腦袋去領賞。以子密為首的三人悄悄溜進去，把彭寵綁了個結實，然后假傳彭寵的命令，把府中人員控制起來。彭寵急忙喊自己的妻子，她跑來一看，大驚失色，三人就要動手殺人，彭寵急中生智，忙讓妻子置辦行裝。
子密心領神會，就和其中一人跟著彭妻去取財物，讓另一個人看著彭寵。彭寵趁機忽悠他放了自己，這人動搖了，探頭出去四面觀察，看周圍有沒有人。結果子密很快回來了，把彭寵夫婦都關起來，開始收拾金銀細軟。
挨到黃昏時分，子密讓彭寵手書一封，作為通關文牒，然后砍下彭寵夫婦的首級，徑直往洛陽去了。而漁陽的將領們見彭寵久不露面，大門又緊閉著，翻墻而入才發現出了大事，便推舉彭寵的兒子彭午為王。但畢竟人心已散，不久偽國師韓利殺了彭午，率眾向祭遵投降，漁陽宣告平定。
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