1924年，新疆大學的前身——新疆俄文法政專門學校創立，拉開了新疆高等教育的序幕。
1935年，學校改建為新疆學院。抗日戰爭期間，一批共產黨人和文學家進步人士來校任教，提出了“以民族為形式，以馬列為內容”的教育思想，掀起了轟轟烈烈的抗日救國宣傳活動，學校被譽為“抗大第二”。
1950年，新疆省人民政府將原省語文學院并入新疆學院，并將新疆學院更名為新疆民族學院。1954年，將新疆民族學院復名為新疆學院。
1955年，高等教育部部長楊秀峰到新疆學院視察工作時，指示以新疆學院為基礎籌建新疆大學。1959年5月，高等教育部決定由北京大學、清華大學、西北大學等院校支援新疆大學的成立工作。1960年，新疆大學正式成立，學校跨入了新的發展時期。
1978年，學校被國務院確定為全國第一批88所重點高等院校之一，16所綜合性重點大學之一。1997年，學校被列入國家首批“211工程”重點建設高校。
2000年，新疆大學與原新疆工學院合并組建新的新疆大學。原新疆工學院的前身是1953年中蘇共同創辦的中蘇有色金屬公司礦山技術學校，1954年，蘇聯將學校股份移交我國，學校改為自辦，更名為烏魯木齊礦業學校。1958年建成新疆礦冶學院，隸屬冶金工業部，1966年更名為新疆工學院。
2004年，學校成為新疆維吾爾自治區人民政府、教育部“區部共建”高校。2012年，學校被列為國家“中西部高校綜合實力提升工程”建設高校。
2017年，進入全國首批42所一流大學建設高校行列。2018年，確定為教育部與新疆維吾爾自治區人民政府“部區合建”高校。
新疆大學現有25個學院，1個研究生院，2個教學研究部，36個黨政機關及教輔單位。現有各類在讀學生35764人，其中普通本科生21707人，碩士研究生9098人，博士研究生704人，在職攻讀碩士學位學生105人，留學生193人，成人本專科生4062人。學校現有專任教師1865人，其中具有高級職稱專任教師905人，具有博士學位教師771人。現有中國工程院院士1名，教育部“長江學者”特聘教授3名，百千萬人才工程3人，“萬人計劃”3人,國家有突出貢獻中青年專家5人，享受政府特殊津貼專家36人，“全國高校黃大年式教師團隊”1個，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”9人，中宣部文化名家暨四個一批（宣傳思想文化青年英才）1人，自治區突出貢獻優秀專家13人，自治區天山英才35人，自治區文化名家暨“四個一批”人才和文化產業領軍人才6人，自治區“國家高層次人才特殊支持計劃”9人，自治區級教學名師20人、教學能手14人。
學校分校本部、南校區、北校區三個校區，共占地290.9萬平方米（約4363畝）。2019年，新疆大學新校區項目獲批建設，該項目位于烏魯木齊市水磨溝區河馬泉新區，規劃用地約247萬平方米（3711畝），規劃總建設面積125萬平方米。
新疆大學校訓：團結 緊張 質樸 活潑
1938年，新疆學院教務長林基路以延安“抗大”為榜樣，提出了“團結、緊張、質樸、活潑” 八字校訓。（來源新疆大學）
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