數層組合太極圖與陰陽魚互糾式太極圖原理一樣，都體現了陰陽兩極的互生互利，只是所繪制的圖案不同而已。
關于數層組合太極圖的起源，歷朝也有很多不同說法，至今仍有爭議。
北宋的潘興嗣認為此圖源自周敦頤：(周敦頤)尤善談名理，深于易學，作太極圖、易說、易通，數十篇。這種觀點也得到了朱熹的認可。
南宋的朱震認為此圖源自陳摶：陳摶以先天圖傳種放，放傳穆修……穆修以太極圖傳周敦頤，敦頤傳程顥、程頤。
宋元之際的劉因認為此圖源于佛徒壽涯：而或又謂周子與胡宿、邵古同事潤州一浮屠而傳其易書。
清代的毛奇齡認為此圖源于《道藏·上方大洞真元妙經圖》：或云其圖在隋唐之間，有道士作《真元品》者，先竊其圖人《品》中，為太極先天之圖，此即摶之竊之所自始，且稱名有‘無極’二字，在唐玄宗序中。現代的馮友蘭、侯外廬等學者都認可這種說法。
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