可以代替。但是制作出來的食物在口感上會有些不同，麻椒的味道會更重一些，口感比較麻辣，麻味很重，花椒的味道會淡一些。麻椒經熱油激發后會有香味和麻味，而花椒經熱油激發后會有肉香味道。
曬干后的麻椒，會變得有點墨綠色，香味比花椒淡很多，但是麻味卻比花椒重，而且能遲遲不會散去。但是油胞并不多，因此它的含油量不高。麻椒一定要用熱油才能瞬間激發出香味和麻味，麻味會隨著熱油析出，久久不會消失。
花椒通常是指紅色的花椒，個頭比較小，果皮比較厚，表面的油胞比較豐富，因此含有的油性也不錯。一般采用陰干和曬干這兩種方式去處理新鮮摘下來的花椒。陰干的花椒和曬干的花椒的香味有明顯區別，曬干的花椒比較香濃醇厚一點。
花椒香味濃郁，麻味一般且持續時間短；麻椒香味青澀、清淡，但麻味比較重且持續時間長。花椒常用來做調味品，同時也是很多中藥方和民間偏方的主要藥材之一。麻椒做調味品倒是很少，僅僅在川菜中使用，最主還是用來提煉麻油。
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