可以用保鮮袋包裝好香菇放到冷藏室，也可放到冷凍室。在冷藏室一般能保存7～10天，在冷凍室一般能保存5～10月。或者將新鮮香菇浸泡在濃度10%的鹽水中，能保存10～15天。食用時用清水浸泡3～5小時，漂洗一大部分食鹽即可。
用開水焯水3～5分鐘后撈起，用保鮮袋包好，放進冷藏室，能放10～15天，放進冷凍室可放8～12個月。或者將新鮮香菇放在太陽下暴曬直到曬干，包裝好可保存12～18個月。
香菇吸水性強，含水量高時容易氧化變質，也會發生霉變。因此，香菇必須干燥后才能進行貯存。貯存容器內必須放入適量的塊狀石灰或干木炭等吸濕劑，以防反潮。香菇必須在低溫通風處貯存，有條件的可把裝香菇的容器密封后置于冰箱或冷庫中貯存。
光線中的紅外線會使香菇升溫，紫外線會引發光化作用，從而加速香菇變質。因此，必須避免在強光下貯存香菇，同時也要避免用透光材料包裝。密封貯存氧化反應是香菇質變的必經過程，如果切斷供氧則可抑制其氧化變質。可用鐵罐、陶瓷缸等可密封的容器裝貯香菇，容器應內襯食品袋。要盡量少開容器口，封口時要排出襯袋內的空氣，有條件的可用抽氧充氮袋裝貯。
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