1.滅菌程度。滅菌程度是一次性口罩滅菌與非滅菌的區別之一，雖然兩者都是在無菌車間生產的，但是滅菌型口罩的滅菌程度和標準會遠遠大于非滅菌型，且生產滅菌口罩車間的無菌級別會高于非滅菌型。
2.微生物指標。一次性滅菌型口罩和非滅菌型口罩都屬于一次性醫用口罩，都是按照YY/T 0969的規定生產的，但是兩者對口罩的微生物指標也有所不同，滅菌型口罩要求無菌，而非滅菌型口罩只是對微生物有限度要求。
3.防護作用不同。非滅菌口罩就是普通的防塵口罩，一般是不能有效的幫助隔離細菌、病毒的，只適用于一般的霧霾天，防塵防風。無菌口罩經過消毒后可以殺滅或清除病原微生物，使其達到無害化；因呼吸阻力小，濾料吸附力強，能有效隔絕污染源。
4.醫用口罩由口罩面體和拉緊帶組成，其中口罩面體分為內、中、外三層，普通醫用口罩就是人們常見的紗布口罩，有四層、八層、十六層等規格。
非無菌口罩在工廠車間使用的比較多，平時遇到霧霾天或大風天氣，也可以佩戴這種口罩進行防護，而滅菌口罩多在醫院使用。
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