使用保鮮冷庫貯藏。辣椒保鮮冷庫的設計溫度甜青椒適宜溫度8-12℃，相對濕度90%-95%。青椒保存前需要在殺菌保鮮劑中浸泡2—3分鐘，以除去表面病菌和為辣椒提供保護層。晾干后，入庫預冷。
青椒放入保鮮冷庫貯存時需要將青椒裝袋。將預冷完成后的辣椒裝入辣椒保鮮袋內，每5-10公斤一袋，扎口。保鮮袋應選用透濕透氣的PVC袋，防止“出汗”和氣體中毒（二氧化碳），二氧化碳達到5%時應解口放風，放風時間1小時左右。
冷藏庫需要用甲醛、過氧乙酸、漂白粉等熏蒸、噴灑，徹底消毒。冷藏溫度控制在8℃左右，選擇溫差0.5℃。貯藏期間要注意防霉，發現霉變現象，及時用保鮮煙霧劑熏殺。
也可以使用木材或者竹材搭成貯藏貨架，將青椒放在貨架之上后在貨架周圍用經過福爾馬林消毒的濕布遮蓋。消毒布每天重復消毒一次，可以起到隔絕空氣，殺菌保溫、延緩青椒老化的作用。
如果需要貯藏的青椒量不大，可以挑選出那些新鮮、完整、沒有傷口的辣椒，取一個干凈的玻璃瓶，放入辣椒，再放入鹽，鹽有殺菌消毒作用，一層辣椒一層鹽。蓋緊瓶蓋，放在陰涼干燥處保存。
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