1.奶源地不同。有機奶的奶源地杜絕使用任何化肥農藥，不允許使用轉基因種源，相比之下綠色食品及無公害食品限量允許使用化肥農藥，并對轉基因種源未作出規定。有機奶源地的空氣質量、水質、光照時間都有著嚴格的要求。
2.奶牛的飼料不同。有機奶牛所吃的飼料必須是在非殺蟲劑環境下生長的——無論是青草還是谷物。奶牛的飼料都是有機牧草，不使用任何化肥農藥，禁止添加使用生長激素、飼料添加劑、抗生素之類的物質，其營養價值比普通牧草也要高。
3.產奶控制不同。有機奶牛生長過程符合生物自然法則，有機奶牛必須進行放牧，并且只在哺乳期產奶。
4.生成過程不同。有機奶的生產過程中不允許使用任何激素和抗生素。從奶源、生產過程到加工，整個產業鏈都是有嚴格要求的。杜絕任何化學合成物的添加及環境的污染，并要求企業建立乳品質量安全控制體系。
蛋白質含量高低主要取決于牛的品種、健康狀況、營養狀況、所處產奶期等因素，和是否有機飼養并無必然關系，動物產品的蛋白質高不高，與是否采用有機飼養之間沒有一定規律可循。所以從營養成分來說，有機純牛奶和普通純牛奶并沒有太大差別。
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