慈寧宮在明朝時是前代皇貴妃所居，萬歷年間慈圣李太后、萬歷帝鄭皇貴妃、昭妃等人都曾在此居住過。在清朝時，除了孝莊文皇后在此居住過以后，再也沒有人在慈寧宮居住，即便是乾隆的生母孝圣憲皇后，都不敢再次居住，而是在旁邊壽康宮居住。
孝莊太后在順治十年的時候成為大清入住慈寧宮的第一位太后，在孝莊皇太后病逝以后，康熙帝悲痛欲絕，無法釋懷，于是將孝莊太后的棺槨停放于慈寧宮。
原本康熙是想要將慈寧宮改成孝莊停靈的享殿，但卻遭到了群臣反對，認為這不合規制，于是康熙帝只好作罷。但在康熙帝在位的每一年孝莊忌辰，他都會帶領大臣來此祭奠孝莊，也因此，慈寧宮以后沒人居住了。
在這之后，慈寧宮雖然不住人，卻是為太后舉行重大典禮的殿堂，凡遇皇太后圣壽節、上徽號、進冊寶、公主下嫁，都會在此處舉行慶賀儀式。特別是太后壽辰時，皇帝親自率眾行禮，并與近支皇戚一同彩衣起舞，禮節十分隆重。
