康熙于康熙二十二年（1683）年收復臺灣。康熙十九年，清朝平定了三藩之亂，此時除臺灣以外的全國大陸基本統一，只有臺灣繼續孤懸海外，不利于中央集權國家的鞏固和統一，直到后來才正式收復臺灣。
康熙十二年，即公元1673，南方發生了“三藩”之亂，鄭經利用清廷忙于平定吳三桂、耿精忠叛亂之機，率軍攻占了閩、粵沿海的泉州、漳州、興化、潮州、惠州五府和閩西北的汀州、邵武兩府。
康熙十五年，即公元1676年，清廷派軍隊入閩，由于耿精忠又反水降清，與清軍聯合攻打鄭經，鄭經孤軍不支，只好退守金、廈，當時清軍因吳三桂叛亂尚未平息，無力渡海，所以仍采取招降政策。
所以清軍與鄭經仍成對峙局面，其后，清廷派康親王杰書、福建總督姚啟圣極力招撫鄭經，盡管鄭經一再拒絕招撫，但由于其部屬將領和兵丁紛紛降清，鄭經被迫收縮防務，主要兵力撤回臺灣。
康熙二十年（1681年），鄭經中風而死，臺灣鄭氏王朝發生政變，年僅12歲的鄭克塽繼任延平王，大權實際上為馮錫范、劉國軒掌握，鄭氏官員向心力開始動搖，負責與清朝談和的傅為霖甚至愿當內應，姚啟圣認為是進攻臺灣的好時機，向康熙帝推薦施瑯。
康熙二十二年（1683年），康熙以施瑯為福建水師提督，出兵攻臺，在澎湖大敗劉國軒所率領的鄭氏海軍，收復了臺灣，清政府在臺灣設一府三縣，隸福建省，并在臺灣設巡道一員，總兵官一員，副將二員，兵八千，在澎湖設副將一員，兵二千，從而加強了中央對臺灣的管轄。
