歷史上沒有記載過慈禧殺珍妃的原因。慈禧殺珍妃的原因眾說紛紜，歷史學家也不能完全定論。但從各個文獻記載中，也是能得到一些慈禧和珍妃關系到底為何會鬧得如此僵。
普遍的說法為，當年兵臨城下，慈禧決定攜帶光緒等一行人出走西安。此時，大家都換了百姓布衣聚在寧壽宮后殿的樂壽堂，慈禧忽感觸前事，出珍妃于牢院。
之后慈禧以“珍妃年輕貌美，必遭洋人侮辱，愧對列祖列宗。”等借口，命太監將樂壽堂前的井蓋打開，要珍妃自盡，珍妃不肯死。
眾人遂令太監將珍妃推入井中，年僅二十五歲。執行此命的是慈禧的領班太監崔玉貴和宮女王德環。
雖然野史和民間流傳中，慈禧太后都非常討厭珍妃，但實際上珍妃在剛剛進宮的時候，慈禧是非常喜歡她的。
珍妃漂亮聰明，慈禧在她身上看到了自己年輕時的影子。慈禧知道她喜歡畫畫，便令宮廷女畫師繆嘉蕙教之，有進貢的稀罕之物，也必賞賜給她一份。
但是經過一系列的事情后，慈禧對珍妃逐漸產生了反感，這主要是珍妃叛逆的性格所致。慈禧個性守舊古板，在她看來，珍妃的行為簡直是不守婦道。
清朝末年，照相術已經傳入中國，卻被因循守舊的頑固人物視為“西洋淫巧之物”，甚至有人認為照相能攝去人的魂魄。珍妃對外界事物接觸比較多，好奇心強，便托人買來照相機。
珍妃不僅在景仁宮，還在皇帝居住的養心殿以及其他地方，穿上各式各樣的時裝、不拘姿勢地照相。她穿的服裝在當時來說算是比較失體面的，這讓慈禧很看不慣，珍妃不顧她的反對，公然在宮中照相，于是惹怒了慈禧。
此外，珍妃還喜愛女扮男裝，穿戴男子的冠服與光緒嬉戲，甚至還穿上皇帝的龍袍。慈禧聽聞后大怒，以為不成體統，教訓了她一頓，但此時尚無殺她之心。
珍妃真正觸怒慈禧的是她的干政。她不僅公然支持光緒的各種改革變法，向慈禧爭奪最高權力，而且還多次違反宮闈禁忌，甚至賣官受賄。
光緒寵愛她，對她的話唯命是從，冷落了慈禧的親侄女隆裕皇后，這種種的原因加在一起，導致了珍妃的悲劇。
