鄭芝龍之所以被殺是因為鄭成功始終不愿降清，鄭芝龍因此受牽連，被人彈劾放縱兒子叛國，之后被廢除爵位抓進監獄，流放寧古塔，順治帝駕崩之后，鄭芝龍和其他的親人一起被斬首。
鄭芝龍是鄭成功的父親，在明朝末年的時候手握重兵，在料羅灣海戰中，是擊敗荷蘭人的主力，縱橫東亞海域，西洋人為之低頭，他可謂是名副其實的海上霸主，讓不少的人稱贊。
可是清軍入關之后，鄭芝龍一心只為自己考慮，根本就沒有想到要為國家奉獻出自己的一切，所以在看到勸降書后，二話不說，就決定投降了清軍，于是鄭芝龍所屬的軍隊不再往前線去了。
之后鄭芝龍加官進爵晉封同安侯，為了讓鄭芝龍的兒子鄭成功投降，清朝對投降的鄭芝龍優待有加，而鄭芝龍也多次的勸說鄭成功歸順清朝，但是鄭成功并沒有答應父親的勸說，這也讓清朝明白留著鄭芝龍是沒有用處的。
于是開始找罪名將一無所有，只有一個空頭銜的鄭芝龍打入監獄，之后流放到寧古塔，順治皇帝駕崩之后，清朝朝廷果斷將鄭芝龍處死，跟隨鄭芝龍投降清廷的全家老小都被抄斬，沒有一個幸存。
