朱祐樘駕崩于乾清宮，年僅36歲。根據史料記載弘治帝病死前樂忠于求丹藥長生，大多數人認為弘治帝是食用了含重金屬的丹藥后中毒而死的。歷史上很多皇帝壽命不長，英年早逝似乎是很多君王的命運。
他在彌留之際病重，后召劉健、李東陽、謝遷等入乾清宮接受顧命，命傳位于皇太子朱厚照，讓大臣們好好輔佐他。并叮囑諸卿說：“太子人很聰明，但是年齡還小，又好逸樂，諸卿要好好對他，使他擔當起大任，朕死也瞑目了。”在給后人囑咐完了之后，便離世。
歷史上的弘治皇帝朱祐樘勤謹一生，處處以人為本，他的很多政策讓當時的大臣們稱贊。他將四品以上官員名單貼在宮內文華殿壁墻上，平時熟記，做到心中有數，意在掌握官員動態，不受蒙蔽。是明朝中葉很賢能的皇帝，在位期間被稱之為宏志中興。
最后朱祐樘給太子朱厚照的最后囑咐是“任用賢臣”。雖然朱厚照繼位后個性張揚，但還是很有作為的。雖然后人對他的評價褒貶不一，但每一個君王都不是完美的，我們應該多方面評價。
